<?php
function scanDir(string $path): array
{
    $result = [];
    foreach (new \DirectoryIterator($path) as $item) { //Проходим по каждому файлу внутри директории
        if ($item->isDot() || !$item->isDir()) { // пропускаем те, которые являются "точками", и те, которые не являются папками
            continue;
        }

        $result[$item->getBasename()] = getFilesList($item->getPathname()); //Получаем массив строк - названий файлов
    }

    return $result;
}

function getFilesList(string $path): array
{
    $result = [];

    foreach (new \DirectoryIterator($path) as $item) {
        if ($item->isDot()) {
            continue;
        }

        $result[] = $item->getBasename();
    }

    return $result;
}
?>
Используем так:
<?php
$files = scanDir(__DIR__);
$json = json_encode($files);